Las raíces de Maní se remontan al siglo XVII, cuando en 1685 los sacerdotes jesuitas fundaron el primer asentamiento conocido como San Luis de Gonzaga de Casimena (hoy conocido como las «Ruinas de Pueblo Viejo» cerca del corregimiento de Santa Helena de Cúsiva). Este lugar fue un punto importante en la colonización de la región.

El actual Maní fue fundado el 1 de mayo de 1879 por descendientes de aquellos antiguos pobladores. Su nombre honra al cacique indígena Maní, de la tribu Tutul Xiu (con influencias mayas), y significa «está hecho» en su lengua nativa.

Durante mucho tiempo formó parte del departamento de Boyacá, y en 1905 se erigió como cabecera municipal. Sin embargo, sufrió duramente durante La Violencia (1948-1953): el pueblo fue quemado en diciembre de 1950 y sus habitantes tuvieron que reconstruirlo con gran esfuerzo hacia 1953. En 1974, con el Decreto 870, se consolidó como municipio de la entonces Intendencia del Casanare.

Maní es un municipio tranquilo, dedicado a la ganadería extensiva y la agricultura, casi olvidado por el turismo masivo. Pero desde finales del siglo XX y especialmente en los últimos 15-20 años, ha resurgido como un destino auténtico que preserva las costumbres llaneras puras, sin tanta comercialización.